Az áramlási citometria részecskék (pl. élő sejtek) számlálására, válogatására és izolálására szolgáló módszer. A részecskéket fluoreszcens színezékkel történő specifikus megjelölés után egy lamináris áramlásban egyenként elvezetik egy optikai érzékelőrendszer előtt, és így számolják meg. A fluoreszcencia-aktivált sejtválogatás (FACS) az áramlási citometria egy speciális esete.
Ezzel a módszerrel a számlálás alapján a részecskék több tulajdonsága is vizsgálható. A specifikus jelölés a meghatározandó tulajdonságra vonatkozik. Egy ígéretes alkalmazási terület jelenleg az antigénspecifikus sejtek festése és izolálása, pl. a vírusfertőzések vagy a rák kezelését célzó eljárások kifejlesztésének a keretében.